A gépet a Junkers repülőgépgyár tervezte az 1930-as években. A típus kora modern harci repülőgépének számított mind sebességével, mind tűzerejével és bombaterhével. A Ju-86-oson gépenként négyfőnyi hajózószemélyzet teljesített szolgálatot.

Személyzet: pilóta, a megfigyelő vagy navigátor, a hajózórádiós-lövész és egy hajózószerelő-lövész.

A repülőgépbe a has rész alatti kis ajtón át lehetett bejutni a gép törzsének közlekedőfolyosójára. Menetirány szerint elindulva, elhaladva a bombatárak mellett és a bombatárajtók felett, a pilótafülkébe lehetett jutni. Azon túl egy alacsonyabb ajtó volt, amely a vezérmegfigyelő plexikupolájába vezetett. Repülések során itt helyezkedett el hasaló testhelyzetben a vezérmegfigyelő, egy géppuskát kezelve. A beszállóajtótól hátrafelé volt közvetlenül a behúzható távírászgondola. Ezt csak felszállás után engedhette ki a törzsből a rádiós, mert a reptér felszíne letépte volna, ha kieresztett helyzetben történik a fel- vagy leszállás. A gondolában a menetiránynak háttal ült a gép hasa alatt a rádióslövész. A gondola a menetiránynak háttal nyitott volt. Erre nyílt kitekintése a rádiósnak, és a távírászi feladatok mellett géppuskájával hátulról-alulról fedezte gépét. A rádiósülés után a szerelőlövész fülkéje következett, amely a törzs felső-hátsó harmadán nyílt, néhány méterre a hátsó osztott vezérsíktól. A szerelő forgó üléséből itt egy, a rádióséhoz hasonló, félkörös sínen mozgatható géppuskát kezelve felülről és hátulról tudta tüzével fedezni a gépet. Ő is a menetiránynak háttal foglalt helyet. Hosszabb út vagy eső esetén a szerelő egy plexiburát tudott ülése fölé húzni, a menetszél és a csapadék ellen.

Bombaszekrénye négy bombatárból állott. Ezek összeszerelve és a gép törzsébe beépítve helyezkedtek el. A bombatárakban csak német rendszerű bombákat lehetett elhelyezni. Vagy 4 darab 250 kilogrammos, vagy 16 darab 50 kilogrammos bomba ment bele. Ezeken kívül felhasználhatók voltak 10, 2 és 1 kilogrammos gyújtóbombák is. A bombák a bombaszekrényben mindig függőlegesen voltak felfüggesztve, fejjel felfelé. Oldásuk történhetett egyenként és sorozatvetéssel is. Magyarországon bombázó és felderítő feladatkörben alkalmazták.