Az IAF 1960-ban jelentős konfliktusba bonyolódott, amikor széles körű erőszakot és lázadást hagyva maga után véget ért Belgium 75 éves Kongó feletti uralma. Az IAF, hogy támogassa az Egyesült Nemzetek Szervezetének Kongóban folytatott műveleteit, aktiváta az 5. Századot, mely angol Canberra gépekkel volt felszerelve. A század novemberben kezdte meg a műveleteket és az egység ott maradt egészen 1966-ig, az ENSZ-misszió végéig. A Canberrák elpusztították a lázadó légierőt, miközben az ENSZ szárazföldi haderőit támogatták.

Új-Delhi és Lisszabon között évek óta fennálló viták után, 1961 végén az indiai kormány úgy döntött, hogy megtámadja Goa portugál kolóniáját. Az indiai légierőt felkérték, hogy nyújtson támogatást a földi erőknek, a Vijay műveletben. December 8–18-án India támadást indított a portugál légierő ellen, de hiába, de nem sikerült kiszorítani őket. December 18-án két Canberra bombázóhullám tám,adta Dabolim repülőtérét, ügyelve arra, hogy ne bombázzák a terminálokat és az ATC-tornyot, csak a futópályát. Két portugál szállítógépet (Super Constellation és DC-6), érintetlenül hagyták, hopgy lefoglalhassák őket, de a portugál pilótáknak sikerült felszállniuk és elindultak Portugáliába. Az indiai vadászok támadták a rádióállomást Bambolimban, D.H Vampire és Dassault Mystere gépekkel támogatták a földi erőket, támadták a portugál pozíciókat. Ouraganok (az IAF-ban Toofanis-nak hívták) bombázták a Diu futópályáit, megsemmisítették a irányítótornyot, a rádióállomást és a meteorológiai állomást. A portugálok kivonulása után az egykori kolóniát Indiába integrálták.

1962-ben a Kína és India közötti határviták háborúvá fajultak, amikor Kína az indiai határon mozgósította csapatait. A kínai-indiai háború alatt az indiai katonai tervezők nem tudták kiépíteni és hatékonyan használni az IAF-t a betörő kínai erők ellen. Ennek eredményeként India jelentős mértékben elvesztette befolyását különösen Dzsammában és Kasmírban.

1965. április 24-én egy indiai Ouragant egy pakisztáni Lockheed F-104 Starfighter elfogta a pakisztáni határon. Az Ouragant leszállásra kényszerítette, a pilótát vissza engedték Indiába, ám repülőgépet a pakisztáni légierő megtartotta. Végül a PAF múzeumába került Peshawarban.

1965-ben, Pakisztán elindította a Gibraltár műveletet, hogy beszivárogjon Jammuba és Kasmírba, és lázadást indítson az indiai kormány ellen. Ezt második kasmír-háborúnak hívták. Ez volt az első alkalom, amikor az IAF ahelyett, hogy szoros légi támogatást nyújtott volna az indiai hadseregnek, független rajtaütéseket végzett PAF bázisok ellen. Ezek a bázisok mélyen a pakisztáni területen belül helyezkedtek el, így az IAF vadászait kiszolgáltatották a légvédelemnek és a pakisztáni légierőnek. A konfliktus során a PAF technológiai fölényt élvezett az IAF-el szemben. Az USA és Nagy-Britannia teljes diplomáciai és katonai támogatásának köszönhetően jelentős stratégiai és taktikai előnyt ért el. Az IAF-t a kormány a keleti szektorra koncentrálta, ahol a PAF támadott. Harci erőinek jelentős részét is ott telepítették, és a kínai beavatkozás lehetősége ellenére sem lehetett gépeket átadni a nyugati szektornak. Az IAF képes volt megakadályozni, hogy a PAF légi fölényt hozzon létre a konfliktusövezetek felett. A kicsi és fürge IAF Folland Gnat meglepően hatékonynak bizonyult a pakisztáni F-86 Sabre gépei ellen, és "Sabre Slayers" becenevet kapott. A konfliktus végére az IAF 60–70 repülőgépet, míg a PAF 43 repülőgépet veszített el. Az IAF veszteségeinek több mint 60% -át levegő-föld akciókban szenvedték el, mivel a bombázó repülőgépek többször is visszatértek ugyan arra a célpontra. Arjan Singh vezérezredes szerint az indiai légierő, annak ellenére, hogy minőségileg rosszabb állapotban volt mint a PAF, mégis légifölényt vívott ki a pakisztzáni gépekkel szemben.

Késő 1971 vége felé ismét intenzívebbé vált a konfliktus India és Pakisztán között. 1971. november 22-én, tíz nappal a háború kezdete előtt négy pakisztáni F-86 Sabre repülőgép megtámadta az indiai és mukti bahini pozíciókat Garibpurban, a határ közelében. A négy PAF gép közül kettőt lelőtték, az egyiket egy IAF Folland Gnat lőtte le. India december 3-án hivatalosan is háborút hirdetett Pakisztán ellen. A pakisztáni légierő erőteljes megelõzõ támadásokat indított indiai légierő ellen Srinagarban, Ambalaban, Sirsában, Halwaraban és Jodhpurban. Az IAF azonban nem szenvedett jelentős károkat, mert a vezetés ilyen lépésre számítva óvintézkedéseket tett. Az indiai légierő azonnal reagált a pakisztáni légitámadásokra, védekezésre kényszerítve ezzel a PAF erőket.

Az első két hétben az IAF közel 12 000 bevetést teljesített Kelet-Pakisztán felett, és szoros légi támogatást nyújtott az indiai hadseregnek is. Segítették az indiai haditengerészet működését is a pakisztáni haditengerészet ellen. A nyugati fronton az IAF több mint 20 pakisztáni tankot és egy ellátó vonatot pusztított el a Longewala csata során. Az IAF stratégiai bombázást hajtott végre Nyugat-Pakisztánban a karacsi olajüzemek, a Mangla gát és a szindhi gázüzem ellen. Hasonló stratégiát alkalmaztak Kelet-Pakisztánban is, és mivel az IAF teljes légifölényt ért el a keleti fronton, a löszergyárak, repülőterek és Kelet-Pakisztán más létfontosságú területei súlyosan sérültek. Mire a pakisztáni erők feladták, az IAF 94 PAF repülőgépet pusztított el. Az IAF széles körű missziókat tudott végrehajtani - csapatok támogatása; légi harc; mélységi behatolás; bombázás és felderítés. Már a háború első hetében letörölték a szubkontinens egéről a pusztán légi harcra összpontosító pakisztáni légierőt. Azok a PAF repülőgépek, amelyek túlélték a támadásokat, iráni légi bázisokra menekültek, vagy betonfedezékben maradva kerülték a harcot. Az háború hivatalosan december 17-én, GMT 14.30-kor fejeződött be, Dacca december 15-i bukása után. Az IAF több mint 16 000 bevetést repült mind keleti, mind nyugati fronton; ideértve a szállító repülőgépekkel és helikoptereket is. A PAF körülbelül 2840 bevetést repült. Az IAF támadásainak több mint 80% -a közeli támogató bevetés volt. Semleges becslések szerint kb. 45 indiai repülőgép veszett el, Pakisztán pedig 75 repülőgépet vesztett, nem számítva az F-6-okat, a Mirage III-okat vagy a hat jordán F-104-et, melyeket nem tudtak visszaadni eredeti gazdájuknak. A légi veszteségek kiegyensúlyozatlanságát az IAF lényegesen magasabb bevetési aránya és a földi célpontok elleni támadások forszírozása magyarázza. A földön Pakisztán szenvedett leginkább: 9000 halott és 25 000 sebesült, India 3000 halottat és 12 000 sebesültet vesztett. A páncélozott járművek elvesztése szintén aránytalan volt. A konfliktus komoly vereséggel ért véget Pakisztán számára. A háború vége felé az IAF szállító repülőgépei Dhaka fölött szórólapokat dobtak, amelyek felszólították a pakisztáni haderőket a megadásra, ezzel demoralizálva a pakisztáni csapatokat Kelet-Pakisztánban.

1984-ben India elindította a Meghdoot műveletet a Siachen-gleccser elfoglalására a vitatott kasmír régióban. Az Op Meghdootban az IAF Mi-8, Chetak és Cheetah szállítóhelikoptereinek köszönhetően indiai katonák százai repültek 1984. április 13-án Siachenbe. Ez művelet egyedülálló volt Siachen szokatlan terepe és éghajlata miatt. A akció sikeres volt, ezzel India átvette az irányítást és ellenőrzést gyakorolt a 70 kilométer hosszú Siachen-gleccser és összes mellékgleccsere, valamint a Saltoro-hegygerinc három fő átjárója felett, közvetlenül a gleccsertől nyugatra - Sia La , Bilafond La és Gyong La. Pakisztán a Saltoro-hegygerinctől közvetlenül nyugatra fekvő jégvölgyeket birtokolja most. A TIME szerint India ezzel a katonai műveletel több mint 3000 km2 területet szerzett.